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### chunk number 1: loadPacks
###################################################
library(marray)


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### chunk number 2: loadData
###################################################
data(swirl)


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### chunk number 3: swirl1
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class(swirl)
slotNames(swirl)
swirl


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### chunk number 4: swirl2
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summary(swirl)


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### chunk number 5: swirl3
###################################################
maLayout(swirl)
maGnames(swirl)


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### chunk number 6: subset
###################################################
sw<-swirl[1:100,2]
class(sw)


###################################################
### chunk number 7: RG
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Gb<-maGb(swirl)
dim(Gb)
Gb[1:5,]
Rf<-maRf(swirl)
dim(Rf)
Rf[1:5,]
M<-maM(swirl)
dim(M)


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### chunk number 8: read.Spot
###################################################
swirlDir<-system.file("swirldata", package="marray")
if(nchar(swirlDir)==1)
  swirlDir<-system.file("data", package="marray")
swirlNew<-read.Spot(path=swirlDir)
class(swirlNew)


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### chunk number 9: image1
###################################################
m<-paste("Swirl dataset, Cy3 background intensities for array ", maLabels(maTargets(swirl))[3], sep="")
tmp<-image(swirl[,3],xvar="maGb",bar=FALSE, main=m)


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### chunk number 10: image2
###################################################
tmp<-image(swirl,bar=FALSE)


###################################################
### chunk number 11: image3
###################################################
col <- maPalette(low ="white", high = "purple", k = 50)
tmp<-image(swirl[,2], xvar="maA", col=col, bar=FALSE)


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### chunk number 12: boxplot1
###################################################
boxplot(swirl[,1])


###################################################
### chunk number 13: boxplot2
###################################################
boxplot(swirl[,2],xvar="maPlate",names=NULL)


###################################################
### chunk number 14: boxplot3
###################################################
boxplot(swirl, col="purple", main="Swirl dataset")


###################################################
### chunk number 15: plot1
###################################################
m<-paste("Swirl dataset, pre-normalization MA-plot for array ", maLabels(maTargets(swirl))[3], sep="")
plot(swirl[,3], main=m)


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### chunk number 16: norm
###################################################
swirlNorm<-maNormMain(swirl)
summary(swirlNorm)


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### chunk number 17: boxplot4
###################################################
boxplot(swirlNorm[,1])


###################################################
### chunk number 18: boxplot5
###################################################
boxplot(swirlNorm)


###################################################
### chunk number 19: plot2
###################################################
m<-paste("Swirl dataset, post-normalization MA-plot for array ", maLabels(maTargets(swirl))[3], sep="")
plot(swirlNorm[,3], main=m)