###################################################
### chunk number 1: loadPacks
###################################################
library(affy)
library(affydata)
library(hexbin)


###################################################
### chunk number 2: loadData
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data(Dilution)


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### chunk number 3: Dilution
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class(Dilution)
slotNames(Dilution)
Dilution
cdfName(Dilution)
annotation(Dilution)
description(Dilution) 
notes(Dilution)
nrow(Dilution)
ncol(Dilution)


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### chunk number 4: phenoData
###################################################
phenoData(Dilution)
pData(Dilution)


###################################################
### chunk number 5: exprs
###################################################
e<-exprs(Dilution)
nrow(Dilution)*ncol(Dilution)
dim(e)


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### chunk number 6: PMMM
###################################################
PM<-pm(Dilution)
dim(PM)
PM[1:5,]


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### chunk number 7: AffyID
###################################################
gnames<-geneNames(Dilution)
length(gnames)
gnames[1:5]
nrow(e)/length(gnames)


###################################################
### chunk number 8: subset
###################################################
dil1<-Dilution[,1]
class(dil1)
dil1


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### chunk number 9: image1
###################################################
# Log transformation 
image(Dilution[,1])


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### chunk number 10: PMvsMM
###################################################
hbin<-hexbin(log(mm(Dilution[,1]),2),log(pm(Dilution[,1]),2))
plot(hbin, style = "nested.lattice")
abline(0,1,lwd=2)


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### chunk number 11: boxplot1
###################################################
boxplot(Dilution,col=c(2,2,3,3))


###################################################
### chunk number 12: hist1
###################################################
hist(Dilution, type="l", col=c(2,2,3,3), lty=rep(1:2,2), lwd=3)


###################################################
### chunk number 13: quantNorm
###################################################
Dil20 <- normalize(Dilution[,1:2]) ##conc. group 20 micrograms
Dil10 <- normalize(Dilution[,3:4]) ##conc. group 10 micrograms
normDil <- merge(Dil20,Dil10)


###################################################
### chunk number 14: boxplot2
###################################################
boxplot(normDil,col=c(2,2,3,3))


###################################################
### chunk number 15: methods
###################################################
bgcorrect.methods
normalize.AffyBatch.methods
normalize.methods(Dilution)
pmcorrect.methods
express.summary.stat.methods


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### chunk number 16: rma
###################################################
rmaDil<-rma(Dilution)
class(rmaDil)


###################################################
### chunk number 17: cdf
###################################################
annotation(Dilution)
data(hgu95av2cdf)
pnames<-ls(env=hgu95av2cdf)
length(gnames)
pnames[1:5]
get(pnames[1],env=hgu95av2cdf)


###################################################
### chunk number 18: loc
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plocs<-indexProbes(Dilution,which="both")
plocs[[1]]
pmindex(Dilution,genenames=gnames[1])